以前からディフォルトではsectionとsubsectionが連続して続いたときに、行間が空きすぎているように感じていた。
jlreqのサイトのマニュアルに設定方法が記載されている。(「section」で検索して12番目ぐらい)
具体的には、以下の設定をした
\ModifyHeading{section}{lines=3}
\ModifyHeading{subsection}{lines=2}
\SetBlockHeadingSpaces{
[lines=5]{_section,23pt,_subsection,16pt}
}